新宿駅の乗り換えで、紛らわしいのが、上記３つの新宿駅だと思う。
京王線・新宿駅と京王新線・新宿駅は、同じ「京王」なのに、何がちがうのか？
京王新線・新宿駅と都営新宿線・新宿駅の改札は同じだけど、どうしてか？
困惑するのは、この２点ではないだろうか。
ー 最初の疑問 ー
京王線は、新宿から京王八王子までとその途中で分岐している京王高尾線、京王相模原線を含む路線で、京王新線は、新宿から笹塚までの線。
京王線の各駅停車に乗ったとしても、京王新線区間の駅である「初台」「幡谷」には停まらない。京王線の各停では、新宿の次は、「笹塚」が停車駅だ。
ちなみに、京王新線の新宿駅から西側（笹塚方面）に向かう電車は、笹塚どまりだけではない。笹塚の先にも行く。多くは、相模原線のほうに行く電車のようだ。＊＊京王新線・新宿駅の時刻表
つまり、京王新線区間を通るか通らないかで、京王線と京王新線の新宿駅を分けている。
京王線のホームページを見ればわかるが、京王線と京王新線では、ホーム階がちがう。一方は地下２階、もう一方は地下５階※だ。（※ リンク先のページで、京王線新宿駅と京王新線新宿駅で、タブをクリックして切りかえて下さい。）
たとえば、京王線・新宿駅の改札から入って、京王新線のホームに行けるか（あるいはその逆）という点に関しては、駅の構内図を見た限り、可能であるといえる。が、慣れなければ、いったん改札の外に出て、お目当ての駅改札をめざすのが無難ではなかろうか。
― つぎの疑問 ー
『都営新宿線と京王新線（京王線）は、互いに乗り入れていて、新宿を起点に西側（笹塚方面）が京王新線、東側（新宿三丁目、本八幡方面）が都営新宿線の管轄になっているので、改札は同じ』というのがざっとの答え。都営新宿線からの電車は、京王新線経由のルートなので京王新線の新宿駅と同じ改札から入る。
ちなみに、京王八王子駅の時刻表を見ると、都営新宿線の本八幡行きは、平日１本きり。先に記した通り、都営新宿線からの電車は、京王相模原線方面に乗り入れているものが多い。
電車を利用するときの参考までに。